现在使用的巴氏杀菌机程序有很多种。"长时间低温"(LTLT)处理是一个间歇性的过程，现在只有小型乳制品厂用来生产一些奶酪产品。“短期高温”(HTST)处理是一个“流动”的过程，通常在板式换热器中进行，现在在饮用牛奶的生产中得到了广泛的应用。通过这种方式获得的产品不是无菌的，即仍然含有微生物，在储存和处理过程中需要冷藏。“快速巴氏杀菌”主要用于生产酸奶乳制品。上有两种常见的巴氏高温消毒方法:

一种是将牛奶加热到62~65°保持30分钟。巴氏杀菌机这种方法可以杀死牛奶中的各种生长致病菌，杀菌效率可以达到。

97.3%~99.9%，只有部分嗜热菌、耐热菌、芽孢菌等。经过消毒后残留，但这些细菌大多是乳酸菌，不仅对人无害，而且对健康有益。

二种方法将牛奶加热到75~90°℃C，保温15~16秒，巴氏杀菌机杀菌时间更短，工作效率更高。但是杀菌的基本原则是可以杀死病原菌，但是温度太高会造成更多的营养损失。